Gérer sa comptabilité en tant qu’auto-entrepreneur exige précision et méthode. Un logiciel de comptabilité bien choisi permet de centraliser ses factures, suivre ses recettes et déclarer facilement ses revenus à l’URSSAF. Les outils les plus fiables comme Indy, Abby, Freebe, Tiime et Pennylane simplifient réellement le quotidien. Voici leurs tarifs, leurs particularités et à quel profil ils conviennent le mieux.
| Logiciel | Tarif de base (mensuel) / remarques |
|---|---|
| Indy | à partir de 0 €/mois pour les micro-entreprises, puis 12 €/mois pour la formule complète |
| Abby | version gratuite disponible, puis offre payante dès 9 €/mois HT |
| Freebe | 11 €/mois TTC (ou 150 €/an) pour la formule unique |
| Tiime | version gratuite “Invoice”, puis 14,99 €/mois HT pour “Business” |
| Pennylane | 14 €/mois HT (Basique), 24 €/mois HT (Essentiel), jusqu’à 99 €/mois HT (Premium) |
- Chaque logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneurs répond à des besoins différents : simplicité, automatisation ou suivi complet.
- Indy, Freebe et Tiime se distinguent pour leur facilité d’usage, Abby pour son accessibilité, et Pennylane pour sa puissance.
- Le meilleur choix dépend de votre activité, de votre budget et du niveau d’accompagnement souhaité.
Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur ?
Indy

Indy est aujourd’hui la référence des outils de comptabilité destinés aux indépendants et professions libérales. Lancé en 2016, il a été conçu pour automatiser entièrement la gestion comptable.
Il synchronise votre compte bancaire professionnel, classe vos transactions et génère automatiquement le livre de recettes. Les déclarations URSSAF et fiscales se font en quelques clics, sans avoir besoin d’un expert-comptable. Son tableau de bord permet de suivre vos revenus, vos charges et d’obtenir une vue claire sur votre activité.
| Avantages | Inconvénients |
|---|---|
| Version gratuite pour les micro-entreprises | Outils plus limités pour les structures complexes |
| Interface intuitive et claire | Peu d’options de personnalisation |
| Déclarations et calculs automatisés | Assistance téléphonique non prioritaire |
| Conforme à la loi anti-fraude et reconnu par l’URSSAF | Gestion multi-activités encore perfectible |
Tarif : gratuit pour les micro-entreprises, 12 €/mois pour la formule complète
Public visé : auto-entrepreneurs, professions libérales, indépendants souhaitant une gestion sans expert-comptable.
Abby
Abby se positionne comme un outil de gestion global pour les freelances et micro-entrepreneurs. En plus de la facturation et du suivi des dépenses, il offre un calcul automatique des cotisations et des rappels pour les échéances URSSAF.
Le tableau de bord regroupe toutes les informations essentielles : revenus, dépenses, impôts estimés, clients et documents administratifs. L’interface est fluide et claire, même pour un utilisateur sans expérience comptable.
| Avantages | Inconvénients |
|---|---|
| Version gratuite avec fonctions essentielles | Fonctions bancaires réservées à la version payante |
| Très facile à utiliser | Manque de paramétrage avancé |
| Alertes automatiques pour les cotisations | Support client limité sur les formules de base |
| Suivi complet des revenus et dépenses | Moins adapté aux activités à forte volumétrie |
Tarif : gratuit ou 9 €/mois HT selon l’abonnement
Public visé : freelances débutants, prestataires de services, auto-entrepreneurs recherchant un outil simple et abordable.
Freebe

Freebe s’adresse exclusivement aux freelances et micro-entrepreneurs. L’objectif est de gagner du temps sur la comptabilité grâce à une interface minimaliste et intuitive.
L’outil se connecte à votre compte bancaire, catégorise les transactions et met à jour votre chiffre d’affaires en temps réel. Il gère la création de factures conformes à la législation française et calcule automatiquement les cotisations sociales. Freebe permet également la déclaration URSSAF en un clic et propose un suivi détaillé de la trésorerie.
| Avantages | Inconvénients |
|---|---|
| Synchronisation bancaire performante | Pas de gestion de la TVA |
| Interface claire et fluide | Pas de version gratuite |
| Déclaration URSSAF automatisée | Limité à un seul type d’activité |
| Support client réactif et en français | Peu de fonctions pour la gestion d’équipe |
Tarif : 11 €/mois TTC ou 150 €/an
Public visé : freelances, indépendants du digital, consultants et métiers du service.
Tiime
Tiime combine plusieurs outils : facturation, gestion des dépenses, notes de frais et synchronisation bancaire. C’est aussi l’un des rares logiciels à proposer un compte professionnel intégré dans ses formules payantes.
L’application mobile est particulièrement réussie : les reçus peuvent être scannés, catégorisés et stockés directement dans le cloud. La version gratuite “Tiime Invoice” suffit pour gérer la facturation de base, tandis que la formule “Business” ajoute le pilotage comptable, la gestion bancaire et la liaison avec un expert-comptable.
| Avantages | Inconvénients |
|---|---|
| Application mobile complète et ergonomique | Fonctions avancées réservées aux offres supérieures |
| Compte professionnel intégré | Certaines automatisations payantes |
| Interface fluide, adaptée à la mobilité | Outil plus complexe à configurer au départ |
| Compatible avec les experts-comptables | Offre Business plus chère pour un micro-entrepreneur débutant |
Tarif : gratuit (Invoice) ou 14,99 €/mois HT (Business)
Public visé : auto-entrepreneurs en déplacement, prestataires réguliers, profils mobiles.
Pennylane

Pennylane est une solution plus complète, pensée pour les indépendants ayant besoin d’un suivi comptable poussé. Elle combine la facturation, le pilotage de trésorerie et la comptabilité dans une même interface.
L’outil s’adresse aussi bien aux auto-entrepreneurs qu’aux petites entreprises. Il permet de collaborer directement avec un expert-comptable et d’obtenir une vision globale sur la situation financière. Chaque transaction est classée automatiquement, et les exports comptables sont prêts pour la déclaration.
| Avantages | Inconvénients |
|---|---|
| Outil très complet et professionnel | Tarifs plus élevés selon les options |
| Collaboration fluide avec expert-comptable | Interface complexe pour un usage basique |
| Intégrations multiples (banques, CRM, fiscalité) | Peut être surdimensionné pour les débutants |
| Exports comptables automatisés | Courbe d’apprentissage plus longue |
Tarif : à partir de 14 €/mois HT, jusqu’à 99 €/mois pour la version Premium
Public visé : auto-entrepreneurs avec forte activité, petites entreprises ou indépendants accompagnés d’un comptable.
Quelles fonctionnalités un logiciel doit-il offrir pour un auto-entrepreneur ?
Un bon logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur doit intégrer la facturation conforme, la déclaration automatisée à l’URSSAF, la synchronisation bancaire, et la génération du livre de recettes. Il doit également assurer la sauvegarde sécurisée des données et proposer un tableau de bord clair pour suivre son activité.
| Fonctionnalité | Utilité principale |
|---|---|
| Facturation certifiée | Conformité et traçabilité |
| Déclarations automatiques | Gain de temps et fiabilité |
| Synchronisation bancaire | Vision claire de la trésorerie |
| Livre de recettes généré | Suivi fiscal simplifié |
| Sauvegarde cloud | Protection des données |
Quels critères comparer avant de choisir (prix, ergonomie, conformité, support) ?

Le choix dépend de la simplicité d’utilisation, du prix mensuel, du niveau de conformité légale et du support client. Les micro-entrepreneurs qui débutent recherchent avant tout un outil clair, tandis que les profils plus avancés préfèrent des solutions complètes comme Pennylane.
Comment le logiciel facilite-t-il les obligations légales (URSSAF, livre de recettes, TVA) ?
Les meilleurs logiciels automatisent les calculs de cotisations, la génération du livre de recettes et la facturation conforme à la loi anti-fraude. Certains, comme Indy ou Freebe, incluent la déclaration URSSAF directe, ce qui réduit considérablement les erreurs.
Existe-t-il des solutions gratuites ou des versions d’essai intéressantes ?
Oui. Indy, Abby et Tiime proposent des versions gratuites, idéales pour les auto-entrepreneurs débutants. Freebe offre un essai de 30 jours pour tester toutes ses fonctionnalités avant de s’abonner.
Comment migrer vers un logiciel sans perdre de données ?

Vous pouvez importer vos anciennes factures et vos relevés bancaires au format CSV ou PDF. Certains logiciels, comme Indy ou Pennylane, proposent un accompagnement personnalisé pour le transfert des données.
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Quel logiciel parmi ces cinq est adapté à quel profil d’auto-entrepreneur ?
| Profil | Logiciel recommandé |
|---|---|
| Freelance débutant | Abby ou Tiime |
| Profession libérale | Indy |
| Indépendant de services | Freebe |
| Entrepreneur en croissance | Pennylane |
| Auto-entrepreneur mobile | Tiime |
Quelle est la procédure pour tester et adopter le logiciel choisi ?
Inscrivez-vous sur le site du logiciel, connectez votre compte bancaire professionnel et testez la création de factures. Les versions gratuites ou d’essai permettent d’évaluer l’ergonomie et la compatibilité avec votre activité avant tout engagement.
Questions fréquentes : que faire en cas d’erreur ou de contrôle ?

En cas d’erreur, vous pouvez corriger vos données directement sans supprimer l’historique. Lors d’un contrôle URSSAF, il suffit de fournir le livre de recettes et les factures horodatées générées automatiquement par le logiciel.
FAQ
1. Faut-il obligatoirement utiliser un logiciel de comptabilité quand on est auto-entrepreneur ?
Non, ce n’est pas une obligation légale, mais fortement recommandé pour assurer la conformité des factures, éviter les erreurs et gagner du temps sur la gestion comptable.
2. Un logiciel de comptabilité peut-il remplacer un expert-comptable ?
Pour un auto-entrepreneur, oui dans la majorité des cas. Ces outils automatisent les tâches essentielles (livre de recettes, déclarations URSSAF, facturation) sans nécessiter d’intervention comptable externe.
3. Puis-je utiliser le même logiciel pour plusieurs activités ?
Certains logiciels comme Pennylane ou Tiime le permettent, mais d’autres, comme Freebe, sont conçus pour une seule activité. Il faut vérifier ce point avant l’abonnement.
4. Les logiciels sont-ils compatibles avec la facturation électronique obligatoire à venir ?
Oui, la plupart des logiciels récents comme Indy, Tiime ou Pennylane sont déjà conformes ou en cours de mise à jour pour la future facturation électronique.
5. Que se passe-t-il si je change de logiciel en cours d’année ?
Vous pouvez exporter vos données (factures, relevés, recettes) depuis l’ancien outil et les importer dans le nouveau. Certains logiciels proposent une assistance à la migration.
6. Est-il possible d’utiliser ces logiciels sur smartphone ?
Oui, Tiime et Abby disposent d’applications mobiles performantes. Indy et Freebe offrent également des versions mobiles accessibles depuis un navigateur.
7. Les logiciels conservent-ils mes données si j’arrête mon abonnement ?
La plupart conservent vos données plusieurs mois après résiliation, mais il est conseillé d’exporter vos documents (factures, livres de recettes) avant de clôturer votre compte.





